6个。

一株完整的番茄由根、茎、叶、花、果实和种子六个大器官组成，由这六大器官构成一株完整的绿色开花植物物体，植物体的结构分成又分为细胞、组织、器官和植物体。番茄果实能用来繁殖后代的是生殖器官，番茄的表皮有保护作用，里面的果肉储存了大量的营养物质是营养组织，因此，一个完整的番茄在植物体结构层次上属于器官。