贝加尔湖是外流湖。一、贝加尔湖有大小河流330余条注入，集水面积约为56万平方公里，但出水口却只有安加拉河汇入叶尼塞河最终流向北冰洋。由于历史上贝加尔湖流域降雨量丰盈下泄水量巨大，一些海洋生物逆流而上最终适应了贝加尔湖的淡水环境。

其二、贝加尔湖早期可能是北冰洋的一处边缘海，在印度洋板块与亚欧大陆板块的不断挤压作用下，印度洋板块俯冲向下使得贝加尔湖北部不断隆起为陆地，使得海洋生物被“分居”，随着地表径流的不断汇入，贝加尔湖的咸度也在不断降低，一些被遗留在内湖中的海洋生物经过漫长的进化也逐渐适应了这一内陆环境。

其三、也有专家认为贝加尔湖是由“外贝贝加尔海”演变而来，同样是受板块挤压作用形成的，过程与“其二”中所讲的类似。