大骷髅公母区别方法是判断生殖乳头的大小。在同样大小的鱼中，公三湖大骷髅的生殖乳头较小，而母三湖大骷髅的生殖乳头比雄鱼大得多，以利于排卵。但是一些未孵化的三湖大骷髅卵的大小比较小，很难通过生殖乳头的大小来判断。这时候就需要通过形状来判断了。

雄性三湖大骷髅的生殖乳头比较尖，而雌性三湖大骷髅的生殖乳头比较圆。