秦岭自古至今一直发挥着调节气候、保持水土、涵养水源的重要生态功能，同时为多种生物物种的生存繁衍提供了得天独厚的自然条件，构成了承接东西、连接南北的野生动植物区系特征和种类繁多、别具特色的生物多样性“宝库”。秦岭也是全球三十四个生物多样性热点地区之一，是中国生物多样性最丰富的两个地区之一。

秦岭是暖温带落叶阔叶林向亚热带常绿阔叶林的过渡带，是东亚植物区中的中国-日本森林亚区和中国-喜马拉雅森林亚区的交汇带处，是华北区系和华南区系的交汇区。