是136~139集。

名为灰原哀的奇妙少女转学到了柯南的班级。在把哀送到家的途中，柯南从哀的口中听到了意想不到的话。灰原哀原为研制出“APTX4869”的组织成员，因为姐姐的死反抗组织，吞下偷藏的APTX4869自尽，却幸运地缩小，得以从房间的垃圾口逃出。逃出组织后去寻找相同遭遇的工藤新一，因体力不支晕倒在工藤家门前，被阿笠博士收留，化名为灰原哀。