自建房邻居不让留窗户是没有法律依据的。只要你建房有一定的手续，别人是无权干涉的。作为邻居向你提出不留窗户，他有他的难处，最好两邻家协商，达到双方满意为好。

邻居不让留窗户有法律依据吗

没有法律依据。自己的房子留窗户对邻居家没有任何影响，邻居是没有任何理由不让留的。但可以主动和邻居构通，交换意见，得到妥善处理为好。