《本草纲目》采取“析族区分，振纲分目”的分类法，把药物分为植物药，矿物药，动物药三大类。其中，将动物药分为虫部，鳞部，介部，禽部，兽部，人部。

这种分类法含有从低级到高级的生物进化的思想，所以受到了达尔文的高度重视。其中植物的科学分类，比瑞典分类学家林奈早两百年。