病逝。

1382年（洪武十五年）农历四月，马皇后突然抱病。八月，病逝，年51岁。同年农历九月葬于明孝陵，谥号孝慈皇后。1403年（永乐元年）上尊谥号：孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。1538年（嘉靖十七年 ）加上尊谥号：孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后。

马皇后病逝后，朱元璋非常伤心，从此再也没有立过一个皇后。