祖籍黑龙江。

孔令辉的家乡在黑龙江，他的父亲是一名乒乓球运动员，由于从小便喜欢乒乓球，于是在6岁时，孔令辉就跟随父亲正式开始学习打乒乓球。孔令辉的父亲对他抱有很高的期望，因此为了培养他敢拼敢打的意志，从小便让他与比他大的孩子们进行训练比赛，这为他后来能够在各种世界级的比赛中稳定发挥垫下了深厚基础。