两者是有区别的:

主笔人往往地位最高、影响最大，而实际执笔人一般是真正作者。

在科研期刊发表论文的署名中，排在第一个的名字为主笔人。该作者一般是该文章内容的最主要的贡献人。任何正式发表的论文论著的知识产权，就是主笔人的。

执笔人一般指的是真正作者。