想要判断燕尾熊猫鱼的公母，首先可以从体型上判断，雄性熊猫鱼体形一般较长，雌鱼的身体较短且圆，尤其是在怀卵期雌鱼腹部比雄鱼腹部膨大，而且雄鱼和雌鱼的尾柄也不同，雄鱼的尾柄粗壮且相对较长，雌鱼的尾柄则比较细弱且短。

熊猫鱼的公母在颜色方面也要些许不同，虽然都是黑白两色，但体色方面有细微的差别，放在一起时雄性熊猫鱼的体色更加鲜艳，尤其是在繁殖发育期，雄鱼体色更为鲜艳，而雌鱼的体色相对比较暗淡，就算是繁殖发育期也不会发生变化。