朱元璋没有杀郑士元。郑士元任期中，纠弹了不少贪官污吏，其中包括皇侄朱桓的重大集体贪污案件。由于朱桓的父亲对朱元璋曾有救命之恩，所以朱元璋想免去他的死罪，但郑士元据理力争，朱元璋钦佩于他的刚正，后处死朱桓。

郑士元，又称郑士原，字好仁，台州路宁海县水车（今浙江省宁海县）人。明初清官。有才学，洪武四年（1371年）中进士，后升为湖广按察使佥事，其遏制荆、襄卒抢劫民女的事件，并对抗御史台讞上的冤情。后因空印案连坐而下狱。出狱后，因其弟郑士利上言解释空印案，而被输作江浦。