物理中的原子和化学中的原子是一个，只是定义有所不同，而且两个学科研究的侧重点不同。

化学主要研究化学反应，会牵涉到原子的核外电子排布、移动等情况

物理会研究核聚变等，会牵涉到原子核内部的变化。

微观：构成分子的原子之间的距离不变（化学键键长不变），物质形状大小变化，分子本身不变，原子的结合方式不变。