少年侦探团并没有发现灰原哀的身份。灰原哀的真实身份是宫野志保。原黑衣组织的科学家，而这个信息柯南和阿笠博士都是知道的。少年侦探团因为年龄太小不涉及主线剧情，所以也不知道这些事情。