乙方负责指的是甲乙双方约定好的这件事或这项工作有乙方来做而乙方自行负责则是指的乙方自己内部的事情，也就是说这件事和甲方没有关系。事实上，在现实工作生活中，乙方负责和乙方自行负责这两句话一般是多用于甲乙双方在签订合作合同或协议时。