佩恩入侵和忍界大战最大的区别有两个，第一个就是对象不一样，忍界大战基本上是村子之间的大规模战争，而佩恩入侵只是一次一个组织对于木叶村的偷袭，而第二个就是规模不一样，佩恩入侵只是一次恐怖袭击，规模并不大，而忍界大战是席卷整个忍界的大战。