新鲜的菜籽饼最好不要用作肥料，通常是通过发酵腐熟后，失去了生物热和生物酸后使用，有利于果树的生长发育，避免了对根系的伤害。

因为新鲜的菜籽饼在土壤里分解时产生乳酸、醋酸、蚁酸等有机酸，会伤害果树的须根。

施肥方法是，在果树树冠垂直投影边缘处，挖深约20～30㎝的圆形沟，将发酵腐熟的菜籽饼施入沟中后覆盖泥土。