上海市境内天然植被残剩不多，绝大部分是人工栽培作物和林木。天然的木本植物群落，仅分布于大金山岛和佘山等局部地区，天然草本植物群落分布在沙洲、滩地和港汊。栽培的农作物共有100多个种类，近万个品种。蔬菜多达400多种，居全国之冠，瓜果和观赏花卉品种也很多。

动物资源主要是畜禽品种，野生动物种类已十分稀少。水产资源丰富，共有鱼类177属226种，其中淡水鱼171种，海水鱼55种。