1、科属区别：赤瞳鱊属于鱊属，青虹鱊则属于马口鱊属。

2、嘴巴区别：赤瞳鱊的嘴巴向上倾斜，青虹鱊的嘴巴向下倾斜。

3、颜色区别：赤瞳鱊的颜色以蓝色为主，青虹鱊则以蓝色和粉色为主。

4、鱼鳍区别：赤瞳鱊的胸鳍比较短，青虹鱊的胸鳍比较长。

5、斑点形状区别：赤瞳鱊身上有面积比较大的斑块，青虹鱊身上有条纹状的斑纹。