农村合作医疗交重复能退。
具体退款流程如下：
1、打开12366纳税服务应用
2、点击右上角的【登录】选项，登录成功后，选择自己的所在城市
3、再点击【咨询】选项
4、选择在线咨询进入
5、根据提示信息点击确定按钮
6、接通在线客服后，输入新农合重复交费如何退，点击发送图标
7、根据客服所回复的信息，准备相关资料去办税大厅办理退费即可。
新农合重复缴费申请退款流程
退费需前往所属区政务中心医保窗口办理。新农合是可以网上缴费的，具体流程如下：
1、登录当地社保局官网
2、在“参合管理”菜单栏中选择“所在乡镇”、“所在村庄”，点击查询人员信息看“参合状态”是否正常
3、核对无误后，在“基金管理”中选择“家庭缴费管理”，选择所在村庄，点击查询、全部缴费
4、在线完成支付缴费成功。
新农合重复缴费申请退款流程
如果重复缴费两次，请到当地税务大厅打印缴费证明，重复缴费的带着本人身份证复印件及银行卡复印件及税务缴费证明到医保局大厅即可办理退费。
