《风魔小次郎》结局是小次郎打败了飞鸟武藏，刺瞎武藏的双眼，之后回到风魔一族的驻地。

“风魔一族”对“夜叉一族”总计19名忍者展开壮烈大混战，双方互有伤亡。最终掌握了“风林火山”的小次郎和同样掌握“圣剑黄金剑”的飞鸟武藏展开决战。最终小次郎获胜，武藏被刺瞎双眼。