菠菜种子内含有发芽抑制物质，并且菠菜种子具有明显的休眠特性，尤其是夏、秋季高温、水分等外界环境不适的情况下发芽更困难。

据试验，除去果皮的菠菜种子较未去果皮的发芽率和发芽势均有所提高。

菠菜种子在高温条件下发芽缓慢，发芽率较低，在25℃时发芽率80%，发芽日数约4天30℃时发芽率70%，发芽日数约4天35℃时发芽率仅为20%，发芽日数8天。因此，常先进行种子处理。10天不发芽，基本就失败了。