两者不是同义词，具体的不同如下

clean 中文意思是adj. 洁净的，干净的（人或动物）讲卫生的，爱干净的无污染的，不引起污染的（气味、味道、颜色）清新的（名声、履历）无污点的，清白的公正的，遵守规则的

Cats are very clean animals.猫是颇爱干净的动物。

cool中文意思是adj. 凉的，凉爽的（衣服布料）使人凉爽的冷静的，沉着的时髦的，酷的没问题，不介意冷漠的，冷淡的冷色调的<非正式>（钱）大笔的，不折不扣的