包括以下四个领域：生物信息学，遗传分析，基因表达测量和基因功能鉴定。

基因组学同时也研究基因组内的一些现象如上位性（一个基因对另一个基因的影响）、多效性（一个基因影响多个性状）、杂种优势（杂交活力）以及基因组内基因座和等位基因之间的相互作用等。

基因组学的进步引发了以发现为基础的研究和系统生物学领域的一场革命，促进了对大脑等最复杂生物系统的理解 。基因组学与转录组学、蛋白组学和代谢组学一起构成了系统生物学的组学（omics）基础。