少年包青天第二部没有发生在书院的案子，第一部有一个发生在书院的案子。

在少年包青天1中，包拯就读的天鸿书院接二连三出命案，而且每个案子都很诡异，仿佛是凶手是恶鬼。

包拯经过调查发现，凶手不是恶鬼，而是书院的一位老师。这位老师之所以杀人，是为了替他的父母和族人报仇。