应届毕业生的三方协议可以跨专业签订。三方协议的签订主要是保障应届毕业生和用人单位在毕业后就职的协议，三方协议不规定专业限制和学历要求，只要用人单位和应届毕业生达成就业意向，那么三方协议就是有效的，确保毕业后录取的通知书。