矛盾的同一性是指矛盾着的对立面相互之间不可分割的联系，是对立面之间相互联结、相互吸引、相互渗透的倾向。同一性是指两种事物或多种事物能够共同存在，具有同样的性质。生物信息学中，同一性是指两序列在同一位点核苷酸或氨基酸残基完全相同的序列比例。