二者同为杀菌剂，只是杀菌范围有区别，主要区别在于：

代森锰锌杀真菌，甲霜灵细菌真菌同杀。

甲霜灵用于土壌苗期消毒而代森锰锌用于大田作物生长期杀菌。

代森锰锌和甲霜灵侧重点不一样，代森锰锌治疗疫病、斑点落叶病，锈病等有良效，甲霜灵治疗霜霉病灰霉病有良效。