医学基础学院是校本部规模最大、学科最全的学院之一，是集教学、科研、学生管理为一体的综合性学院，担负着本科生和研究生基础课程培养的重任。

医学基础学院设有神经生物学学系、人体解剖学与组织胚胎学学系、细胞生物学学系、生物化学与分子生物学学系、生理学与病理生理学学系、病原生物学学系、免疫学学系、病理学学系、实验动物学学系等。