儿童基金会申请退款的方法如下：

由家长携带缴费的收费凭证与医疗证原件，按上款到收费儿童基金会申请退费，由退费单位收回发出的收费凭证和医疗证，并办理退费手续。收费结束后，由家长到所属区少儿住院互助基金管理办公室(地址详见医疗证)提出申请，填写《退费申请表》，按申请表中内容提交相关材料原件。