亚甲基蓝在水产品养殖中能被用作消毒药，其原理是亚甲基蓝在水溶液中形成的离子型化合物可以与微生物酶系统竞争氢离子，使酶失活，进而导致微生物丧失生存能力。

20世纪90年代以来，亚甲基蓝代替孔雀石绿、结晶紫等被用于水产养殖中进行防治水霉病、赛霉病和小瓜虫等鱼类疾病，也用于活鱼运输、环境消毒等。其在治疗小瓜虫病、斜管虫病、红嘴病、水霉病和凡纳滨对虾幼体粘脏病等鱼病也具有一定的疗效，也可用作抗真菌药物，降低鱼类运输中的死亡率。