因为犬夜叉他们被人关起来了。

故事继续讲了犬夜叉与哥哥杀生丸打败奈落之后，在十几年后他们的孩子们所发生的故事。

幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永久与刹那为杀生丸的女儿。永久通过能穿越时代树时空的隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇所在的日暮家养育长大，成长为精通武道的女初中生。与此同时，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。