有后代，生有一子叫凤毛，但凤毛不幸夭折。

吴氏家谱，吴承恩家祖籍安东，即现在淮安市的涟水县，元末明初迁居当时淮安河下，至吴承恩已五代。高祖吴鼎是个平民，曾祖吴铭做过浙江余姚县的儒学训导。

祖父吴贞是国子监监生，做到了浙江仁和县（今杭州市）的儒学教谕。父亲吴锐成年后娶徐氏为妻，徐氏只生了一个女儿叫吴承嘉。吴锐又娶偏房张氏生了吴承恩。吴承恩年轻时与户部尚书叶淇的曾孙女叶氏成婚，生有一子叫凤毛，后凤毛不幸夭折。