和李云龙搭班子的新政委叫做马天生，当时C军驻地有两大势力（红革联、井冈山bing团），都要求李云龙支持，李云龙非常头大，于是干脆躲进医院称病不见客。两大派势力斗得如火如荼，马天生竟然代表李云龙做了表态，支持了某一方势力，就这样双方的矛盾愈演愈烈，最大规模的对抗竟然死伤百人。
这些人从最开始的徒手接触，到最后肆无忌惮抢夺武器，很多机构都被洗劫一空，包括李云龙的两个团，于是李云龙意识到事态的严重性，斥责了马天生代表军方发言，导致事态严重，就这样两人矛盾越来越深。
直到有一次一个代号泰山的师部被袭击，动手的是其中一派势力，虽然只是几个哨兵被打了闷棍，但却没有士兵敢对这些人开枪，泰山师师长向李云龙汇报后，李云龙惊出一身冷汗，万一敌方特工浑水摸鱼，后果不堪设想。
就这样李云龙带着一个警卫营包围了泰山师，最终通过流血行动，李云龙果断制止了这次行动。
亮剑泰山师事件是什么
井冈山兵团袭击泰山师部想要抢夺弹药，他们开枪打死了十几个战士，李云龙忍无可忍出兵镇压造成流血事件。
新来的政委马天生一直看不上李云龙，认为他只是个用资历压人的大老粗。他将此事上报，李云龙被接受调查。
在李云龙被抓前，孔捷接到消息派人来接走他去避难。可是李云龙只将他和赵刚的孩子送走了。
审判时李云龙宁死不屈，胳膊被硬生生地拧断了。他拒绝了段鹏等人把他劫走并逃跑的计划，主动联系马天生，在他面前用楚云飞送给他的勃朗宁手枪自杀了，保住了军人最后的尊严。
妻子田雨不肯与李云龙划清界限，怒斥马天生后在狱中自杀身亡。
亮剑泰山师事件是什么
在那个动荡的年代里，很多人的头脑都是疯狂而躁动的，整座城市陷入了两派的武斗中。
李云龙刚忙完，武斗的另一方就硬闯进了“泰山师”的师部大楼。这些人，仗着士兵不敢对他们开枪，将“泰山师”的师长和政务都给光屁股赶出师部。将师部所有的轻重武器和电台，文件等重要物资都给霸占了。
李云龙不仅担心那些人会利用这些物资发动新的武斗。而且，李云龙还害怕有间谍趁乱将军队机密都给泄露到国外去。于是，李云龙组织军部警卫营，包围了被那些人占领的“泰山师”师部。当时，全国还没有人敢对那些“革命群众”动手，敢向那些人开枪。李云龙自己也怕，于是，给林总办公室去了电话，得到的答复是可以采取“强硬措施”。
就是这个模糊的答复，让李云龙吃了大亏。李云龙对那些顽固份子发动硬攻，夺回师部，击毙负隅顽抗的他们的头头。这一仗，李云龙部伤亡三十多人，那些人伤亡158人！在这之后，李云龙命令部队，将辖区内所有造反人的武器全部给收缴了。谁敢反抗，直接开枪。李云龙创造了历史！他是全国第一个，也是唯一一个下令向“那些人”开枪的军人。
1960年李云龙从孔捷那里得知丁伟出事痛苦不已，后来发生“泰山师事件” 直接把李云龙推上了风口浪尖，最后他把孩子托付给了孔捷，用楚云飞送给他的那只袖珍枪结束了自己的生命。李云龙去世的两天，他的老婆田雨也在监狱中结束了自己的生命，这种结局是很多观众无法接受的。
原著中的金门炮战、赵刚托孤、李云龙受辱等情节都没有进行拍摄，甚至连很多涉及了敏感的问题都被删减。
