蜥蜴最突出的特征之一就是它们的皮肤，这些皮肤折叠形成皮肤的外层充满角蛋白， 这种角蛋白是一种粗糙且不溶水 的蛋白质，它能使蜥蜴最大限度减少水分流失，使很多蜥蜴在即 使是最干旱的沙漠中也能生存。
它们的鳞片形状包括从小颗粒状 到大片状，差异很大。鱗片有的一片一片互相连接，有的重叠。 其皮肤可能非常光滑，也可能有一些突起（脊）。蜥蜴鳞状的皮肤 通常粗糙厚实，不容易破。
某些鳞片已经演变成尖利的刺，可以 击退袭击者。有些皮肤则被称为皮骨的内骨片强化。蜥蜴的一个很奇妙的特征 就是脑部松果体的发育。17世 纪的法国哲学家雷内•笛斯卡特称人脑中的松果体是思想和 肉体互为作用的交点。
他把松果体看做不朽灵魂的眼睛，与 肉体感官上接收的信息进行交流。至少对蜥蜴来说，脑的这个 部分似乎确实是它们的“第3只 眼”，但是松果体实际上仅是将这个动物与物理世界连在了一 起。
长在松果体处一块开口的头盖骨使得其神经组织能够从 脑部一直延伸至头顶上敏感性较弱但透明的吸盘处。 研究表明松果体可能会在昼夜反复模式的影响下，起到调节“生物钟”的作用。
