柯南知道赤井玛丽真实身份发生在1076集《漆黑的古董盆》。

剧情中世良真纯一直想要找灰原哀要到aptx4869解药，在冲矢昴多次阻拦下最终没有成功。事后，柯南想到世良真纯通行的高中生模样的人是她的妈妈吃了aptx4869变小后的样子，并且根据领域外的妹妹这一称呼推理出了赤井玛丽真实身份是mi6特工。