惩戒书不会留案底的。

目前我国法律对违法犯罪有严格界定，对处罚标准也有比较详细的条款。一个案件如果被处以刑事案件，那么就比较严重了，就会在公安机关留下案底，如果是一般的行政案件被处以惩戒书，说明案件是一般的社会违法行为，此案对社会影响不大，在公安机关就不会留下案底的。