东方中质子的大结局是：

质子最后的结局是出现在云天明送给程心的小宇宙里，作为一个高级机器人为程心和关一帆服务，直到宇宙回归运动来临。

质子随着两个人类朋友离开小宇宙，开始新的旅程。

在宇宙回归运动中，所有文明都将覆灭，都在新世界的宇宙做备份。