作为一部反映清末纪实的电影，《清宫秘史》围绕戊戌变法、八国联军侵华以及义和团运动等重大历史事件展开，主要揭示了当时清政府内部尖锐的“帝后之争”。

我们知道，历史上“帝后之争”中慈禧是占据了绝对优势的，而这也使得电影创作者站在了“弱势”一方的立场上，对慈禧展开了抨击。

这部电影的中心思想，其实就是肯定和赞扬了维新派和支持变革的光绪帝，以及批判和揭露了以慈禧为首的顽固派。