祝和愿是有区别的：祝有祝贺之意，愿有希望之意。祝一般用在喜事或者大事之前，比如祝航天飞机发射成功!祝祖国繁荣昌盛!而愿往往比祝意思要轻，且对有些从不好的事走出来的一种期许或者希望，如愿某某早日康复，愿某某逝者一路走好。反过来用就有些牵强。

祝早日康复和愿早日康复的区别

这两个实际上是没有任何实质上的区别，都是希望能够让对方早日的恢复健康，能够过上好的生活，不要再受病痛的折磨，但是祝可能也就是比较简单的一种说法，一般也就是普通的朋友之间这样说的。而院可能感觉比较真诚一点，感觉关系比较亲密一点的。