意思基本一样，但是这两个词的情感意义不同。

不同意表示这个人的决绝，语气较为强硬。如“我不同意你这么做”通常为上级对下级发号施的对话。

不愿意表达的感情比较委婉，通常为对方所提的要求违背了本人的意愿，但是又不能那么强硬的拒绝，所以委婉的拒绝对方。