村干部年终奖由乡政府发放。根据相关规定，村干部工资、年终奖数额一般由所在乡镇政府作出规定，除一部分由村集体经费负担外，国家财政或者地方乡镇政府会有一部分转移支付资金，为村干部工资提供保障。