工厂化养殖循环水系统的设计多种多样，但要达到高效都必须做好以下几方面的管理：(1)充气必须通过充气保持溶解氧的浓度，满足养殖生物呼吸的需求和维持生物滤膜的正常功能。充气通常在养殖池中进行，在水流通过生物滤膜前或在生物滤膜中也需要充气。

水中有机物质的降解也需要氧气。也可以通入臭氧氧化有机物质和杀灭病原菌，防止病原菌进人水处理系统。