彭佳屿位于北纬25°37ཪ、东经122°04ཌྷ"，距离台湾北部的基隆港约56公里。岛的周围约4，300米，面积约114公顷，最高海拔165米。

彭佳屿为海底火山喷发所形成的岛屿，因为强烈的海蚀作用，目前仅剩西半部。东、南、北三侧海岸都是断崖，有许多海蚀凹壁与海蚀洞，西侧倾斜稍缓。