根据《清史稿·本纪九·世宗本纪》记载，贾士芳被是雍正下令斩首而死。

贾士芳获罪的真相，原来这个道士利用“按摩”“秘咒”等方术，逐渐控制了雍正皇帝的健康，雍正皇帝一旦察觉到自己的安康被贾道士操纵，顿感问题严重，遂刻不容缓地处理此事，立即下令将贾道士处斩，罪名是：贾士芳在朕的面前使用妖术。