印尼海域位于亚洲东南部太平洋和印度洋之间（东经94°45′－141°05′，北纬6°08′－南纬11°15′），横跨赤道。

印尼由太平洋和印度洋之间17，508个大小岛屿组成，是世界上最大的群岛之国，素有“赤道翡翠”之美誉。

主要岛屿有爪哇岛、苏门答腊岛、苏拉威西岛、加里曼丹岛（南部）和伊里安岛（西部）。岛屿之间构成许多海峡和内海，其中巽他海峡、马六甲海峡、龙目海峡等是沟通太平洋和印度洋的重要通道。