因为初号机中寄宿了男主妈妈碇唯的灵魂

碇唯是初号机的第一位驾驶员，后在启动试验中被初号机吸收。

她一早就预算到自己会被吸入初号机，成为其中的魂。她这样做除了是为了EVA机体的研究外，她还知道初号机是补完的关键之一。因此，她也为了将来的冲击，融合初号机而作准备。 而结果正如她所料，她被吸入初号机里。