巴楚菇不能冷冻储藏。在相对较为通风且阴凉的情况下，巴楚菇可以存放3-7天左右。在冰柜中冷藏保存可以存放10天左右，冷藏保存可以保证蘑菇的新鲜和品质，如果可以放入保鲜袋中或者保鲜盒里，可以更好地保存风味。

蘑菇的存放怕潮湿，在存放之前将蘑菇的污垢洗净，再将塑料袋换成纸袋，因为塑料袋密封性较强，水分难以挥发流失。换成纸袋这样可以避免蘑菇受潮，在这样的条件下可以存放12天左右。