设置原则：与地表水采样断面的相同。

应尽可能和地表水采样断面重合，以便数据比较。沉积物采样断面一般是指采集泥质沉积物断面，如水质断面采不到泥质沉积物时，应根据沉积物的分布图的下游或上游偏移至泥质区，但必须同时保证所设断面能充分代表给定河段的水环境特征。如要调查污染源的影响时，应在排污口上游选对照断面，下游1500m内设若干采样断面。