黄芪除草分苗前封闭及苗后除草，播后封闭只能封住一部分小颗粒种子繁殖的杂草，对根系繁殖的杂草无效。

目前市面上已经出现一些豆科中药材的苗后除草剂，推荐使用专业产品，药草除1号或芪兵，除草不伤苗，解决了原来黄芪出苗后只能用人工拔草而无法进行化学除草的难题。黄芪生长至4-6片叶子，约有5公分高以后，可将药液兑水全田喷雾喷施，对黄芪苗很安全，能杀死绝大部分杂草，如马唐、狗尾草、牛筋草、灰灰菜、苣荬菜、刺儿菜、苋菜、马齿苋等。